Neoabsolutyzm, 1841-59
W ciągu pierwszych 10 lat panowania, epoki tzw. neoabsolutyzmu, cesarz – wspierany przez tak wybitnych doradców jak Felix, książę zu Schwarzenberg (do 1852 r.), Leo, graf (hrabia) von Thun und Hohenstein, i Alexander, freiherr (baron) von Bach – zapoczątkował bardzo osobisty reżim, biorąc w swoje ręce zarówno kształtowanie polityki zagranicznej, jak i strategiczne decyzje. Wraz ze Schwarzenbergiem, który w 1848 roku został premierem i ministrem spraw zagranicznych, Franciszek Józef rozpoczął porządkowanie swojego imperium.
W sprawach zewnętrznych Schwarzenberg osiągnął silną pozycję dla Austrii; w szczególności za sprawą Punktu w Olmütz (listopad 1850 r.), w którym Prusy uznały dominację Austrii w Niemczech. Jednak w sprawach wewnętrznych surowe rządy Schwarzenberga i tworzenie nietolerancyjnego aparatu policyjnego wywoływały ukryte nastroje buntownicze. Nastroje te stały się groźniejsze po 1851 r., kiedy rząd wycofał się z obietnicy konstytucji, złożonej w 1849 r. pod naciskiem niepokojów rewolucyjnych. To wycofanie się miało długie następstwa i doprowadziło do trwałej nieufności liberałów wobec rządów Franciszka Józefa. W 1853 r. doszło do zamachu na życie cesarza w Wiedniu i do zamieszek w Mediolanie.
Po śmierci Schwarzenberga (1852) Franciszek Józef postanowił nie zastępować go na stanowisku premiera i sam wziął większy udział w polityce. Błędna polityka Austrii w czasie wojny krymskiej wynikała w dużej mierze z winy cesarza, rozdartego między wdzięcznością wobec Rosji za pomoc w stłumieniu powstania na Węgrzech w 1849 r. a korzyściami, jakie monarchia mogłaby odnieść, opowiadając się po stronie Wielkiej Brytanii i Francji. Mobilizacja części armii austriackiej w Galicji na granicach Rosji z perspektywy czasu okazała się poważnym błędem. Nie przysporzyła ona Austrii przyjaciół wśród mocarstw zachodnich, natomiast utraciła znaczną część dobrej woli, jaką car Mikołaj I żywił wcześniej wobec Franciszka Józefa.
W kraju neoabsolutyzm zaowocował służbą cywilną, w której pracowali wysoce kompetentni eksperci, starający się sprostać wysokim wymaganiom cesarza, których ograniczenia stawały się jednak coraz bardziej oczywiste w latach 1859-60, gdy próbowali uporać się ze złożonymi problemami finansowymi imperium. Wydatki na armię musiały zostać ograniczone w 1859 r., kiedy rozpoczęła się seria nieudanych wojen, które poważnie nadszarpnęły reputację militarną Austrii. Co więcej, reżim policyjny okazał się na dłuższą metę niewykonalny. Rząd podejmował więc krytyczne decyzje wojskowe na tle wielu nierozwiązanych problemów finansowych i wewnętrznych. Za wiele z tych decyzji, zwłaszcza za niefortunny wynik wojny z Królestwem Sardynii i Cesarstwem Francji w 1859 roku, odpowiedzialny był cesarz. Po sprowokowaniu Austrii do wojny, Camillo Benso, conte di Cavour, premier Sardynii, planował użyć armii francuskiej do wyparcia Austrii z Włoch. Gdy cesarski głównodowodzący okazał się niezdolny, Franciszek Józef sam przejął naczelne dowództwo, ale nie zdołał zapobiec klęsce pod Solferino (24 czerwca 1859 r.). Franciszek Józef, zrażony żądaniem Prus, aby warunkiem jego interwencji po stronie cesarza było oddanie armii austriackiej pod pruskie dowództwo, zawarł w lipcu 1859 r. pokój w Villafranca, na mocy którego Lombardia została scedowana na Sardynię. Nie pogodzony z tą ugodą Franciszek Józef prowadził politykę zagraniczną, która przygotowywała drogę do starcia z Włochami i Prusami, dzięki któremu miał nadzieję odzyskać dla Austrii jej dawną pozycję w Niemczech i we Włoszech, ustanowioną przez Metternicha w latach 1814-15.