Nowożytny Kościół Baptystyczny został założony w Holandii w 1609 r. przez Johna Smytha, duchownego, który odłączył się od Kościoła Anglii. Utrzymywał on, że kościół powinien przyjmować swoich członków przez chrzest po tym, jak świadomie potwierdzą oni swoją wiarę, a ponieważ dziecko nie jest w stanie tego zrobić, sprzeciwiał się chrztowi niemowląt. Niektórzy z jego zwolenników założyli w Londynie w 1612 r. kościół baptystów, którego pastorem był Thomas Helwys, wierzący w tolerancję religijną dla wszystkich mężczyzn i kobiet, w tym ateistów i pogan, jak również chrześcijan.
Na rozprzestrzenianie się kościołów baptystycznych duży wpływ miały ruchy odrodzeniowe w ciągu następnych dwóch stuleci. W 1891 roku Baptyści Powszechni i Partykularni zostali zjednoczeni w Związku Baptystów Wielkiej Brytanii i Irlandii. Baptyści są największą denominacją w USA. Znaczące wspólnoty baptystów istnieją w Indiach, Myanmar, Brazylii, Nigerii, Wielkiej Brytanii, Rumunii i na Ukrainie. Jest to jednak Kościół światowy, a baptyści są świadkami także w wielu innych krajach świata.
Interpretując Nowy Testament, baptyści podkreślają, że Kościół jako ciało Chrystusa jest wspólnotą wiernych, którzy osobiście i dobrowolnie podjęli decyzję o wyborze Chrystusa, a dzięki osobistemu wyznaniu wiary stali się, poprzez chrzest, członkami Kościoła Chrystusowego. Baptyści uznają jedynie Biblię (bez wyznania wiary) jako wiążący autorytet. Pod przewodnictwem Ducha Świętego każdy zbór może interpretować Pismo Święte i kształtować życie swojej społeczności. Wyrazista konstytucja kongregacyjna nie pozwala na scentralizowaną strukturę kościelną, ale promuje związki i konwencje poszczególnych kościołów.