Zmasowany wysiłek desegregacji szkół publicznych w całych Stanach Zjednoczonych był głównym celem Ruchu Praw Obywatelskich. Od lat trzydziestych XX wieku prawnicy z National Association for the Advancement of Colored People (NAACP) starali się wnieść do sądu lokalne pozwy, argumentując, że oddzielne nie znaczy równe i że każde dziecko, niezależnie od rasy, zasługuje na edukację pierwszej klasy. Pozwy te zostały połączone w przełomową sprawę Brown v. Board of Education Sądu Najwyższego, która zdelegalizowała segregację w szkołach w 1954 roku. Jednak zdecydowana większość segregowanych szkół nie została zintegrowana aż do wielu lat później. Wielu respondentów Projektu Historii Praw Obywatelskich wspomina długą, bolesną walkę, która pozostawiła blizny na wielu uczniach, nauczycielach i rodzicach.
Trzy lata przed sprawą Brown v. Board w listopadzie 1951 roku, uczniowie klasy obywatelskiej w segregowanej, czarnej Adkin High School w Kinston, w Północnej Karolinie, dyskutowali o tym, jakie cechy powinna mieć idealna szkoła. Kiedy zdali sobie sprawę, że lokalne białe liceum ma wszystko, co sobie wyobrazili, zasiali ziarno protestu kierowanego przez uczniów. Bez pomocy dorosłych uczniowie skonfrontowali się z miejscowym zarządem szkół w sprawie rażącej nierówności w lokalnych szkołach. Kiedy zarząd zignorował ich prośbę o zwiększenie funduszy, uczniowie spotkali się sami, by zaplanować, co dalej. W wywiadzie grupowym z byłymi uczniami John Dudley wspomina: „W tamtym tygodniu, aż do poniedziałku, opracowywaliśmy strategię. Mieliśmy wszystkich na pokładzie, 720 uczniów. Powiedzieliśmy im, żeby nie mówili rodzicom ani nauczycielowi, co się dzieje. I czy uwierzycie, że do dziś, do 2013 roku, nikt nigdy nie powiedział mi, że ktoś dorosły wiedział, co się dzieje. Dzieci.” Zdecydowali się na zakodowane zdanie, które zostało odczytane podczas porannych ogłoszeń. Każdy uczeń w szkole wyszedł z domu, podniósł transparenty, które zostały wcześniej przygotowane i pomaszerował do centrum miasta, aby zaprotestować. Uczniowie odmówili powrotu do szkoły przez tydzień, a osiemnaście miesięcy później, Adkin High School zostało odnowione i otrzymało nową salę gimnastyczną. Pozostało ono jednak segregowane do 1970 roku.
Desegregacja nie zawsze była bitwą w każdej społeczności na Południu. Lawrence Guyot, który później stał się liderem Student Nonviolent Coordinating Committee, dorastał w Pass Christian, mieście na wybrzeżu zatoki Mississippi, na które wpływ miały silne związki zawodowe w przemyśle stoczniowym i Kościół katolicki. Wyjaśnia, jak doszło tam do desegregacji szkół katolickich: „Kościół katolicki w 1957 lub ’58 roku podjął decyzję, że zamierza zdesegregować szkoły. Zrobili to w ten sposób. Ogłoszono, że mamy dwa programy. Mamy ekskomunikę i mamy integrację. Dokonajcie wyboru do piątku. W Luizjanie dochodziło do aktów przemocy. Nic się nie działo na Wybrzeżu Zatoki. Dowiedziałem się z pierwszej ręki, że instytucje mogą naprawdę mieć wpływ na politykę społeczną.”
W wywiadzie o swojej matce, działaczce na rzecz praw obywatelskich Gayle Jenkins, Willie „Chuck” Jenkins opisuje, jak zażądała, by był powodem w procesie o desegregację szkół, Jenkins przeciwko Bogalusa School Board w Luizjanie. Stał się pierwszym afroamerykańskim uczniem, który uczęszczał do białego Bogalusa Junior High School w 1967 roku i pamięta, jak miał jedną nogę w każdym świecie, ale był coraz bardziej wyobcowany z obu: „I złapałem dużo luzu, jak, od czarnej społeczności, bo zwykli mówić: 'Och, myślisz, że jesteś coś, bo idziesz do białej szkoły.' Nie wiedzieli, że w białej szkole łapałem święte piekło. Nie miałem żadnych przyjaciół, wiesz. Więc, to był po prostu zawsze konflikt”. Ale w końcu, uważa, że było warto. Stwierdza: „Ale było ciężko, ale wiesz co? Gdybym miał to wszystko powtórzyć, zrobiłbym to dokładnie w ten sam sposób. Bo to była sprawa, która była warta wyniku, mimo że mam wrażenie, że ludzie w Bogalusie wciąż nie są tak akceptujący, jak mogliby być.” Liceum nadal miało osobny bal dla białych i osobny dla czarnych aż do niedawna. Ale jego matka, Gayle Jenkins, służyła w Radzie Szkolnej Bogalusy przez dwadzieścia siedem lat.
Julia Matilda Burns opisuje swoje doświadczenia jako nauczycielka, rodzic i członek Rady Szkolnej w Holmes County, Mississippi. Jej mąż był aktywnym działaczem na rzecz praw obywatelskich, a jej praca jako nauczycielki była zagrożona, gdy związała się z członkami Studenckiego Komitetu Koordynacyjnego Bez Przemocy (SNCC). Kiedy jej syn i inne afroamerykańskie dzieci próbowali zintegrować szkołę w Tchula w 1965 roku, została ona dwukrotnie spalona. Miejscowa biała społeczność założyła własną prywatną białą akademię, co było powszechnym planem uniknięcia integracji na całym Południu. Ona kontynuowała nauczanie w szkole publicznej i omawia trudności, jakie napotykają wiejskie dzieci afroamerykańskie i młodzi dorośli w zdobywaniu równej edukacji dzisiaj.
Pomimo, że Brown v. Board of Education i wiele innych spraw prawnych przełamało oficjalne bariery dla Afroamerykanów, aby zdobyć równą edukację, osiągnięcie tego ideału nigdy nie było łatwe ani proste. Debata trwa do dziś wśród decydentów, pedagogów i rodziców na temat tego, jak zniwelować różnice w osiągnięciach między białymi i mniejszościowymi dziećmi. Ruby Sales, była członkini Student Nonviolent Coordinating Committee (SNCC), która później została założycielką i dyrektorką organizacji non-profit Spirt House, zwraca uwagę, że niewiele osób szuka w przeszłości odpowiedzi na nasze obecne problemy z edukacją: „…Zajmowaliśmy się kontrkulturą edukacji i czego moglibyśmy się nauczyć z tej kontrkultury w czasie segregacji, co pozwoliłoby czarnym uczniom nie być dziś ofiarami w szkołach publicznych. I jedna z rzeczy, która tak bardzo mnie zaniepokoiła – i tu znów chodzi o narrację: ci czarni nauczyciele z południa stworzyli wybitnych uczniów i liderów. I wielu z nich nadal istnieje. I nikt nie zadał sobie trudu, by zapytać ich: „Jak to zrobiliście? Czego moglibyśmy się od was nauczyć? Jakie były wasze strategie? Jak radziliście sobie w skomplikowanych sytuacjach? Jak zachęciłaś młodych ludzi, by uwierzyli, że mogą coś zmienić, nawet jeśli biały świat mówił, że nie mogą?”