W 1957 roku rosnące zapotrzebowanie na ewangeliczną instytucję chrześcijańską w obszarze St. Louis spowodowało otwarcie rozszerzenia kampusu Hannibal-LaGrange College w Tower Grove Baptist Church. Sześćdziesiąt osiem studenci zostali zapisani, że inauguracyjny rok.
Klasy dla centrum rozszerzenia, znany również jako St Louis Baptist College, spotkał się w budynku działalności Tower Grove Baptist Church. W 1964 roku Missouri Baptist College został zarejestrowany jako ewangeliczny chrześcijański, czteroletni liberal arts college. Pod auspicjami Hannibal-LaGrange College i kierownictwem jego prezydenta, dr L.A. Fostera, kursy biblijne były oferowane dla pastorów i świeckich. Podczas drugiego semestru, kilka kursów sztuk wyzwolonych zostały zamówione i dostarczone. Wpływ studentów, wraz z pracą organizacyjną przywódców baptystów z St. Louis, pastorów i świeckich, miał wpływ na statut MBU. Pierwsze spotkanie Rady Powierniczej Missouri Baptist College odbyło się w styczniu 1964 roku. Dr Frank Kellogg służył jako pierwszy przewodniczący Rady Powierniczej, a później jako drugi prezydent.
W lipcu 1964 r. Przywódcy nabyli miejsce głównego kampusu MBU, metropolitalną ziemię w pobliżu Interstate 270 i U.S. Route 40 w West Saint Louis County. We wrześniu 1968 r. 186 studentów rozpoczęło zajęcia, ponad trzykrotnie zwiększając rozmiar instytucji w ciągu nieco ponad dekady. W maju 1973 roku Missouri Baptist College ukończył swoją pierwszą klasę dwudziestu dziewięciu studentów, z których każdy zdobył tytuł Bachelor of Arts.
W 1980 roku Missouri Baptist College rozpoczął nowy rozdział swojego życia wraz z ukończeniem Pillsbury-Huff Residence Halls, przekształcając się z kampusu dojeżdżającego do instytucji mieszkalnej. Jesienią 1986 roku MBC rozpoczął oferowanie kursów w obu hrabstwach Jefferson i Franklin.
Dr R. Alton Lacey przejął stery Missouri Baptist University w 1995 roku jako szósty prezydent uczelni. Pod jego kierownictwem, MBU zapisy ponad dwukrotnie; uniwersytet wprowadził absolwentów, programów podyplomowych i nowych stopni licencjackich; i MBU odbyło udanej kampanii 10 milionów dolarów, największy projekt rozwoju w historii MBU.
W kwietniu 2000 roku, kolegium zostało zatwierdzone do zaoferowania Master of Science in Education. Dziś MBU absolwent program obejmuje Master of Business Administration i Master of Arts w chrześcijańskiej ministerstwa i rozszerzonej oferty początkowego programu absolwent, Master of Science in Education.
Wiosną 2002 roku, kampus zakończyła kampanię Spirit of Excellence z poświęceniem nowego 10 mln dolarów Pillsbury Chapel i Dale Williams Fine Arts Center. Budynek, obejmujący ponad 58.000 stóp kwadratowych (5.400 m2) działa jako gospodarz do muzycznych, religijnych, biznesowych, edukacyjnych i społecznych wydarzeń. Kampania Spirit of Excellence doprowadziła również do renowacji Thomas and Virginia Field Academic Hall, znacznie większej kafeterii i księgarni, nowego salonu studenckiego, ulepszonego laboratorium komputerowego oraz licznych biur i sal lekcyjnych. Również w 2002 roku, Missouri Baptist College stał się Missouri Baptist University. Jesienią 2005 roku zapisy MBU osiągnęły najwyższy w historii poziom 4,460 studentów. Na trzydziestym czwartym rozpoczęciu ćwiczeń, MBU przyznał 579 stopni, kolejny rekord MBU. W lecie 2007 roku biblioteka MBU Jung-Kellogg została odnowiona i dodano nową kawiarnię. W semestrze jesiennym 2009 roku uniwersytet zaczął oferować swój pierwszy program doktorancki, doktorat z edukacji.
W 2017 roku dr R. Alton Lacey ogłosił przejście na emeryturę po 23 latach jako prezydent MBU. Jesienią 2017 roku dr Keith L. Ross został mianowany siódmym prezydentem MBU. Lacey przyjął rolę jako kanclerz w styczniu 2018 r.
W lecie 2019 r. trwały remonty biblioteki i główne dodatki do boiska piłkarskiego. Biblioteka została teraz przekształcona w przestrzeń learning commons. W 2019 r., Po 17-letnim procesie sądowym Missouri Baptist University wrócił pod jurysdykcję zarządu powierników Konwencji Missouri Baptist.
.