Istnieją dwie teorie na temat genezy powieści epistolarnej. Pierwsza z nich głosi, że gatunek ten wywodzi się z powieści z listami wtrącanymi, w których stopniowo redukowano część zawierającą narrację trzecioosobową pomiędzy listami. Druga teoria głosi, że powieść epistolarna powstała z miscellaneów listów i poezji: niektóre z listów zostały powiązane ze sobą w (najczęściej miłosną) fabułę. Oba twierdzenia są w pewnym stopniu słuszne. Pierwsza prawdziwie epistolarna powieść, hiszpańskie „Więzienie miłości” (Cárcel de amor) (ok. 1485) Diego de San Pedro, należy do tradycji powieści, w których narrację zdominowała już duża liczba wstawionych listów. Inne znane przykłady wczesnych powieści epistolarnych są ściśle związane z tradycją książek-listów i miscellaneów listowych. W kolejnych wydaniach Listów o szacunku, wdzięczności i miłości (Lettres de respect, d’obligation et d’amour) Edmé Boursaulta (1669) grupa listów pisanych do dziewczyny o imieniu Babet była rozbudowywana i coraz bardziej odróżniała się od pozostałych listów, aż utworzyła małą powieść epistolarną zatytułowaną Listy do Babet (Lettres à Babet). Niezwykle słynne Listy portugalskiej zakonnicy (Lettres portugaises) (1669), przypisywane na ogół Gabrielowi-Josephowi de La Vergne, comte de Guilleragues, choć nieliczni nadal uważają za ich autorkę Mariannę Alcoforado, mają być częścią miscellaneum Guilleraguesowskiej prozy i poezji. Za twórcę powieści epistolarnej w języku angielskim wielu uważa Jamesa Howella (1594-1666) z „Familiar Letters” (1645-50), który pisze o więzieniu, zagranicznych przygodach i miłości do kobiet.
Pierwszą powieścią, która wyeksponowała złożoną grę, na jaką pozwala ten gatunek, były Love-Letters Between a Nobleman and His Sister Aphry Behn, które ukazały się w trzech tomach w latach 1684, 1685 i 1687. Powieść ukazuje charakterystyczne dla gatunku rezultaty zmiany perspektywy: poszczególne kwestie przedstawiane były przez poszczególnych bohaterów, a centralny głos autora i ocena moralna zniknęły (przynajmniej w pierwszym tomie; w dalszych tomach wprowadzono narratora). Behn ponadto eksplorowała sferę intrygi z listami, które wpadają w niepowołane ręce, listami sfałszowanymi, listami zatajonymi przez bohaterów i jeszcze bardziej złożonymi interakcjami.
Powieść epistolarna jako gatunek stała się popularna w XVIII wieku w twórczości takich autorów, jak Samuel Richardson, z jego cieszącymi się ogromnym powodzeniem powieściami Pamela (1740) i Clarissa (1749). Wczesna powieść erotyczna Johna Clelanda Fanny Hill (1748) jest napisana jako seria listów od tytułowej bohaterki do bezimiennego odbiorcy. We Francji były to Lettres persanes (1721) Montesquieu, następnie Julie, ou la nouvelle Héloïse (1761) Jean-Jacques’a Rousseau i Les Liaisons dangereuses (1782) Choderlosa de Laclos, który wykorzystał formę epistolarną z wielkim efektem dramatycznym, ponieważ sekwencja wydarzeń nie zawsze była powiązana bezpośrednio lub wyraźnie. W Niemczech były to Smutki młodego Wertera Johanna Wolfganga von Goethego (Die Leiden des jungen Werther) (1774) i Hyperion Friedricha Hölderlina. Pierwsza powieść kanadyjska, Historia Emily Montague (1769) Frances Brooke, a dwadzieścia lat później pierwsza powieść amerykańska, Siła współczucia (1789) Williama Hilla Browna, zostały napisane w formie epistolarnej.
Począwszy od XVIII wieku forma epistolarna była przedmiotem wielu kpin, co zaowocowało wieloma dzikimi burleskami. Najbardziej znanym przykładem była Szamela Henry’ego Fieldinga (1741), napisana jako parodia Pameli. Narratorka trzyma w niej pióro i pisze pamiętnik w najbardziej dramatycznych i nieprawdopodobnych okolicznościach. Oliver Goldsmith wykorzystał tę formę do satyrycznego efektu w The Citizen of the World, noszącym podtytuł „Letters from a Chinese Philosopher Residing in London to his Friends in the East” (1760-61). Podobnie uczyniła pamiętnikarka Fanny Burney w udanej komicznej pierwszej powieści, Evelina (1788).
Powieść epistolarna powoli wyszła z użycia pod koniec XVIII wieku. Chociaż Jane Austen próbowała swoich sił w epistolarnej w młodzieńczych pismach i jej noweli Lady Susan (1794), porzuciła tę strukturę dla swojej późniejszej pracy. Uważa się, że jej zaginiona powieść First Impressions, która została przeredagowana, aby stać się Dumą i uprzedzeniem, mogła być epistolarna: Duma i uprzedzenie zawiera niezwykłą liczbę listów cytowanych w całości, a niektóre z nich odgrywają kluczową rolę w fabule.
Forma epistolarna była jednak nadal używana, przetrwała w wyjątkach lub we fragmentach w dziewiętnastowiecznych powieściach. W powieści Honoré de Balzaca Listy dwóch narzeczonych dwie kobiety, które zaprzyjaźniły się podczas nauki w klasztorze, korespondują przez 17 lat, wymieniając listy opisujące ich życie. Mary Shelley zastosowała formę epistolarną w powieści Frankenstein (1818). Shelley używa listów jako jednego z wielu narzędzi kadrowania, jako że historia jest przedstawiona poprzez listy kapitana morskiego i badacza naukowego próbującego dotrzeć do bieguna północnego, który spotyka Victora Frankensteina i zapisuje narrację i wyznania umierającego człowieka. Opublikowana w 1848 roku powieść Anne Brontë Lokatorka Wildfell Hall jest ujęta w ramy retrospektywnego listu jednego z głównych bohaterów do przyjaciela i szwagra, w którym znajduje się pamiętnik tytułowej lokatorki. Pod koniec XIX wieku Bram Stoker wydał jedną z najbardziej znanych i udanych powieści w formie epistolarnej – Drakulę. Wydana w 1897 roku powieść składa się w całości z listów, wpisów do dziennika, wycinków z gazet, telegramów, notatek lekarskich, dzienników okrętowych i tym podobnych.