Siarczki żelaza występują powszechnie w przyrodzie w postaci białek żelazowo-siarkowych.
As organic matter decays under low-oxygen (or hypoxic) conditions such as in swamps or dead zones of lakes and oceans, sulfate-reducing bacteria reduce various sulfates present in the water, producing hydrogen sulfide. Niektóre z tych siarkowodorów reagują z jonami metali w wodzie lub w ciele stałym, tworząc siarczki żelaza lub metali, które nie są rozpuszczalne w wodzie. Te siarczki metali, takie jak siarczek żelaza(II), są często czarne lub brązowe, co prowadzi do koloru osadu.
Pyrrhotite jest produktem odpadowym bakterii Desulfovibrio, bakterii redukującej siarczany.
Gdy jajka są gotowane przez długi czas, powierzchnia żółtka może zmienić kolor na zielony. Ta zmiana koloru jest spowodowana siarczkiem żelaza(II), który tworzy się, gdy żelazo z żółtka reaguje z siarkowodorem uwolnionym z białka jajka przez ciepło. Reakcja ta zachodzi szybciej w starszych jajach, ponieważ białka są bardziej alkaliczne.
Występowanie siarczku żelaza jako widocznego czarnego osadu w podłożu wzrostowym peptonowo-żelazowym agar może być wykorzystane do rozróżnienia pomiędzy mikroorganizmami, które wytwarzają enzym metabolizujący cysteinę – desulfhydrazę cysteinową, a tymi, które jej nie wytwarzają. Peptonowo-żelazowy agar zawiera aminokwas cysteinę i wskaźnik chemiczny, cytrynian żelaza. Degradacja cysteiny uwalnia gazowy siarkowodór, który reaguje z cytrynianem żelaza, tworząc siarczek żelaza.