Silnik wysokoprężny Cummins ISX może pracować w konfiguracji dwupaliwowej, co oznacza, że może być zasilany zarówno olejem napędowym, jak i gazem ziemnym. Spalanie gazu ziemnego pozwala zachować sprawność cieplną silnika wysokoprężnego. Bardziej wydajny silnik może z kolei generować mniejszą emisję spalin. ISX może to osiągnąć poprzez zmianę opóźnienia zapłonu i czasu wtrysku. Badając początek spalania (SOC), komputer silnika jest w stanie zastosować predykcyjną korelację opóźnienia zapłonu. Przewidywalna charakterystyka silnika maksymalizuje zarówno sprawność, jak i moc użyteczną dla danego źródła paliwa. Kompensacje są dokonywane dla gazu ziemnego, tak aby pasmo mocy i zakres roboczy były nadal funkcjonalne dla klientów, przy jednoczesnej redukcji emisji. Agencja Ochrony Środowiska przeprowadziła również testy silnika Cummins ISX pod kątem wykorzystania gazu ziemnego, w wyniku których uzyskano wyniki świadczące o znacznej redukcji emisji NOx. Konfiguracja może się poszczycić dziewięćdziesięcioprocentowym obniżeniem emisji NOx w porównaniu z aktualną normą EPA. To sprawia, że Cummins ISX spalający gaz ziemny jest jednym z najczystszych pracujących silników wysokoprężnych na świecie. ISX wykorzystuje również filtr DPF, czyli filtr cząstek stałych, wymagany przez EPA. Filtr DPF odfiltrowuje cząstki stałe znajdujące się w spalinach silnika, zmniejszając emisję spalin z rury wydechowej. Ze względu na skomplikowaną konstrukcję, filtr DPF musi być regularnie konserwowany. System kontroli emisji wprowadza regenerację filtra, która spala cząstki stałe. Wszelkie substancje palne znajdujące się w dodatkach do smarów pozostaną w filtrze DPF, co może powodować problemy z ciśnieniem wstecznym i wydajnością. Oznacza to, że filtr DPF musi być regularnie usuwany i czyszczony w przypadku silnika Cummins ISX. Olej bezpopiołowy może oznaczać, że czyszczenie nie będzie konieczne, ale może ograniczać właściwości smarne. Zbadano olej o zerowej zawartości fosforu i stwierdzono, że jest on idealny do systemów DPF i smarowania. Olej ten uzyskał pozytywne wyniki zarówno pod względem osadów na tłokach, jak i zużycia oleju, co oznacza, że system DPF zostałby zoptymalizowany dzięki zastosowaniu oleju o zerowej zawartości fosforu i ultra niskiej zawartości siarki. W późniejszych modelach Cummins ISX, po zmianie wymagań EPA, zastosowano również DEF, czyli płyn do silników wysokoprężnych. DEF to system wtryskiwanego mocznika, który zmniejsza emisję zanieczyszczeń przez silnik wysokoprężny. Cummins ISX musi być wyposażony w inhibitory na wypadek pewnych awarii układu DEF. Gdy zbiornik DEF jest niski lub pusty, ISX obniża moc o dwadzieścia pięć procent. Odcięcia zasilania i ostrzeżenia dla kierowców są również stosowane, gdy system DEF został naruszony lub nie działa prawidłowo. Firma Cummins poprawiła kilka usterek i przeprowadziła badania oparte na wynikach klientów, obejmujące kilka milionów mil przebiegu pojazdu Cummins ISX w warunkach drogowych, aby system DEF był jak najbardziej funkcjonalny. System jest również zobowiązany do obniżenia mocy w przypadku wystąpienia jakichkolwiek problemów w celu ograniczenia emisji do absolutnego minimum.