Szpital Lincoln został założony w 1839 roku jako „Dom dla Kolorowych Starców” przez grupę wybitnych filantropów znanych jako „Towarzystwo Pomocy Godnym Wieku Niezamożnym Kolorowym Osobom”. Funkcja szpitala stopniowo stawała się najważniejszym aspektem działalności, a w 1882 roku nazwa została zmieniona na „The Colored Home and Hospital.”
W 1895 roku, po ponad pół wieku zajmowania różnych miejsc na Manhattanie, Kuratorium zakupiło dużą działkę w Południowym Bronksie – wówczas półwiejskim obszarze miasta – na rogu 141st Street i Southern Boulevard. Wybudowano nowy szpital, którego wyposażenie obejmowało najnowsze osiągnięcia w dziedzinie opieki medycznej. Poświęcenie odbyło się 29 kwietnia 1899 roku. Szpital stał się szpitalem ogólnym, otwartym dla wszystkich ludzi bez względu na kolor skóry czy wyznanie, chociaż zachował swoje powiązania założycielskie jako instytucja poświęcona pomocy i rozwojowi czarnych ludzi. Podczas reorganizacji szpitala i ostatecznego zajęcia nowej siedziby, jego nazwa została zmieniona na Szpital Lincolna, na cześć prezydenta Abrahama Lincolna.
Z powodu rosnącego zapotrzebowania na usługi wymagane przez gęściej zaludniony Południowy Bronx – i malejącą podaż funduszy filantropijnych – w 1925 roku Kuratorium postanowiło sprzedać Szpital Lincolna Departamentowi Opieki Publicznej Miasta Nowy Jork. Wielki odpływ lekarzy do sił zbrojnych podczas II Wojny Światowej oraz drastyczny spadek społeczno-ekonomiczny w okolicy, który nastąpił później, odcisnęły swoje piętno na Szpitalu Lincolna. Wraz z utratą miejsc pracy w wyniku restrukturyzacji przemysłu, nowi imigranci i migranci z ubogich, wiejskich obszarów południowych regionów Stanów Zjednoczonych, Karaibów i Ameryki Łacińskiej nie mieli stałych (ale nisko wykwalifikowanych) możliwości pracy, jak poprzednie pokolenia imigrantów. Miało to wpływ na ich długoterminowy standard życia.
Zmiany w populacji spowodowały zmiany w Szpitalu Lincolna. W 1969 roku, 15-dniowe przejęcie Departamentu Psychiatrii przez głównie czarny i portorykański personel nieprofesjonalny sprawiło, że Szpital Lincolna stał się kluczową postacią w narodzinach ruchu na rzecz zdrowia psychicznego w społeczności. Okupanci skrytykowali paternalizm białych psychiatrów i rzucili wyzwanie zdrowiu psychicznemu społeczności, aby było czymś więcej niż tylko instytucjami obsługującymi miasta, zdominowanymi przez elity o dobrym znaczeniu, które nie były wystarczająco wrażliwe na – ani świadome – potrzeby biednych miejskich pacjentów. W następnym roku, 14 lipca 1970 roku, Młodzi Panowie – radykalna grupa portorykańskich aktywistów – zajęli budynek administracyjny Szpitala Lincolna, aby zaprotestować przeciwko obojętności miasta na potrzeby zdrowotne portorykańskich i afroamerykańskich pacjentów. Protestowali również przeciwko godnym pożałowania warunkom świadczenia opieki zdrowotnej w Szpitalu Lincolna i oskarżyli szkoły medyczne (którym płacono za zapewnienie stażystów w szpitalu) o przedkładanie szkolenia studentów medycyny nad opiekę nad pacjentami. Protest zakończył się aresztowaniem dwóch Młodych Panów. Kilka miesięcy później, w listopadzie 1970 roku, Młodzi Panowie i ich sojusznicy zajęli budynek Rezydencji Pielęgniarek w Szpitalu Lincolna i wywalczyli wykorzystanie przewidywanych funduszy Lincolna na leczenie narkomanii; wykorzystanie przestrzeni w budynku administracyjnym na program detoksu narkotykowego; oraz wykorzystanie przestrzeni biurowej na Oddziale Psychiatrii. Uruchomiono kontrolę społeczną w postaci Programu Ludowego. Szpital Lincolna odrodził się w latach 70-tych jako jedna z najlepszych instytucji zajmujących się opieką nad chorymi i szkoleniem profesjonalistów w nowo powstałej Nowojorskiej Korporacji Zdrowia i Szpitali.
Obecny kampusEdit
W 1976r, kosztem budowy 220 milionów dolarów oddano do użytku nowy obiekt, oddalony o około dwie mile od „starego Lincolna”. Obecny budynek szpitala zawiera niektóre z najbardziej zaawansowanych koncepcji w projektowaniu szpitali i wyrafinowany sprzęt. Zajmuje on pięć pełnych przecznic miasta, zapewniając opiekę zdrowotną dla całej społeczności Południowego Bronxu, jak również części Górnego Manhattanu. Lincoln zarządza również Oddziałem Nadużywania Substancji, mieszczącym się przy 349 East 140th Street.
W latach 90-tych Lincoln stał się częścią „Generations Plus Network” North-Manhattan/South Bronx wraz z Metropolitan Hospital Center, Morrisania Diagnostic and Treatment Center oraz Segundo Ruiz Belvis Diagnostic and Treatment Center. Sieć ta kontynuuje wysiłki w celu zapewnienia wysokiej jakości opieki dla zróżnicowanej, wieloetnicznej populacji miejskiej w erze zarządzanej opieki.
Od 2007 roku, Lincoln ma pojemność 347 łóżek. Mimo, że stanowi 9% łóżek w regionie, Lincoln obsługuje 31% wizyt lekarskich w tej społeczności, gdzie na każde 4000 osób przypada mniej niż jeden lekarz podstawowej opieki zdrowotnej.
W 2014 r. otwarto Oddział Ratunkowy, który przeszedł renowację i rozbudowę o wartości 24 milionów dolarów, zapewniając zmodernizowany, najnowocześniejszy oddział.
W 2014 r. otwarto Oddział Ratunkowy.