Gra rozpoczyna się od tego, że gracz otrzymał od korony hiszpańskiej flotę eksploracyjną, składającą się z czterech statków, stu ludzi i kilku towarów handlowych. Gra pojawia się pokazując miasto w Hiszpanii, dość uproszczone 2D side-scrolling reprezentacji miasta składającego się z domu gracza, pałac, pub i outfitters. Gracz może chodzić po mieście za pomocą joysticka, wchodząc do budynków w celu interakcji z nimi poprzez menu. Na przykład, wchodząc do zbrojowni, pojawi się menu pozwalające użytkownikowi na zakup zapasów, ludzi i towarów handlowych. Interakcja w Hiszpanii jest dość ograniczona; gracz wkrótce przenosi się na statki, na jednym końcu mapy miasta, aby opuścić port.
Większość gry jest rozgrywana na ekranie gry z małą, przewijaną mapą w centrum i kilkoma wskaźnikami statusu wokół niej. Po opuszczeniu portu wyświetlacz przełącza się na tę mapę, a gracz prowadzi statek do Nowego Świata. W każdym momencie gracz może wywołać menu z zawartością zależną od aktualnej lokalizacji gracza. Na przykład, jeśli menu jest wywołane na statku, pozycje pozwalają na przeglądanie mapy lub „zrzucanie rzeczy”, ten drugi wybór pozwala na tworzenie grup eksploracyjnych poprzez zrzucanie ludzi i zapasów ze statków. Kiedy gracz jest na lądzie jako część grupy eksploracyjnej, ta sama pozycja menu tworzy fort, kiedy ludzie są w nim zrzucani.
Po przybyciu do nowego świata, gracz może eksplorować wybrzeże, zakładać misje i forty oraz wchodzić w interakcje z tubylcami. Zbliżanie się do wiosek powoduje powiększenie mapy, aby pokazać wioskę, reprezentowaną przez cztery budynki, oraz poruszających się tubylców. W centrum znajduje się wódz wioski, podejście do niego i otwarcie menu pozwala na handel złotem i jedzeniem. Gracz ma możliwość pokojowego handlu z tubylcami lub ich podbicia, a czasem (przy odpowiednich wyborach i szczęściu) może ich nawrócić, zamieniając wioskę w misję.
Tubylców można zaatakować po prostu ruszając na nich. Kilka przypadkowych zabójstw jest do zaakceptowania przez wioskę, a czasami nieuniknione, ale zbyt wiele i tubylcy staną się wrogo nastawieni i zaatakują partię. W wielu przypadkach Hiszpanie mogą przytłoczyć tubylców, którzy w końcu zrezygnują z walki i pozwolą Hiszpanom splądrować miasto. Ambushes are also common, between the towns.
Much of Seven Cities of Gold was influenced by historical accounts of the era. Interakcje z tubylcami mogą być pokojowe lub wrogie, lub stać się wrogie ze względu na barierę językową. Podczas gdy można by założyć, że celem gry jest powrót z bogactwami z Nowego Świata, tak naprawdę nie ma żadnych celów w ogóle. Gra nie posiada systemu punktacji i zapewnia graczowi informację zwrotną od króla, ale bez ingerencji, jeśli wyrżnie on tubylców. Według Buntena, z wywiadu w Antic:
Pokojowe podejście naprawdę działa najlepiej. Nie zdarzyło mi się jeszcze, żebym użył całkowicie zdeprawowanego podejścia i wygrał. Musisz mieć gdzieś przyjaciół. Jeśli coś pójdzie nie tak, potrzebujesz przyjaznej misji, gdzie możesz wrócić i nie musisz się martwić o powstanie czy coś. Miejsce, do którego możesz wrócić i wiedzieć, że będzie tam na przykład jedzenie. Potrzebujesz serii takich względnie bezpiecznych miejsc, nawet jeśli wyruszasz na misję podboju. Jeśli ciągle będziesz znęcał się nad tubylcami, w końcu zobaczysz wiadomość od króla mówiącą „Nie traktuj tubylców tak źle. Ale nie przestawaj przynosić złota”. Ten podwójny standard jest wprost wyjęty z historii”.
Rozmiar Nowego Świata był jedną z koncepcji, które zostały włączone do projektu; ziemia musiała być szczegółowa i zróżnicowana. W rezultacie przechowywanie i pobieranie danych stało się istotnym problemem, zwłaszcza że twórcy nie chcieli, by długie czasy ładowania przeszkadzały w grze. Jak opisuje Bunten: „Naszym jedynym wyjściem było wykorzystanie technologii, których nie mieliśmy, dopóki nie zostaliśmy zmuszeni do ich wynalezienia”. Gra wykorzystała system strumieniowy, aby umożliwić wczytywanie mapy bez przerywania rozgrywki. Gra dostarcza pojedynczy „świat” ściśle wzorowany na prawdziwym, włączając w to tak drobne szczegóły jak Florida Keys i najbardziej znane rzeki. Gra zawiera również silnik tworzenia świata, który pozwala użytkownikowi na zbudowanie naprawdę nowego Nowego Świata, zapisując go na dysku dostarczonym przez użytkownika.
Mapy gry zawierają jedno lub więcej „zagubionych miast”, które są ukryte przez ikonę góry w miejscach, które są zazwyczaj daleko od innych mas lądowych. Odkrywcy, którzy natkną się na jedno z tych ukrytych miast, zostaną powitani komunikatem „Sir, odkryliśmy zaginione miasto.” Mieszkańcy tego typu wiosek są potulni i uciekają przed graczem, a gdy zbliży się do nich szef wioski, gra poinformuje gracza, że „Możemy wziąć co chcemy jako daninę!” i użytkownik będzie mógł zdobyć sporą ilość złota bez konieczności handlu.