Epoki kolonialne i federalistyczne: 1730-1820Edycja
Nie wiadomo, kiedy pierwszy mason postawił stopę w amerykańskiej kolonii Nowy Jork, ale pierwsza udokumentowana obecność datowana jest na połowę lat trzydziestych XVII wieku, kiedy Daniel Coxe, Jr. (1673-1739), został wyznaczony przez księcia Norfolk, Wielkiego Mistrza Wielkiej Loży Premier Anglii (znanej historykom jako „Moderns”), do pełnienia funkcji Wielkiego Mistrza Prowincji dla prowincji Nowy Jork, New Jersey i Pensylwanii. Ponieważ nie istnieją żadne uwierzytelnione zapisy dotyczące jego kadencji jako Wielkiego Mistrza Prowincjalnego, wydaje się wątpliwe, czy sprawował on jakąkolwiek władzę w przedsięwzięciach masońskich, ponieważ zmarł kilka lat po swojej nominacji. Od 1738 do lat 80-tych XVII wieku, GLE (Moderns) wydało dodatkowe Gwarancje Francisowi Goeletowi (1738-1753), George’owi Harrisonowi (1753-1771) i Sir Johnowi Johnsonowi (1771-?). Ponieważ Johnson był zwolennikiem Brytyjczyków podczas Rewolucji Amerykańskiej, uważa się, że zabrał swój nakaz ze sobą, kiedy uciekł do Kanady, pozostawiając tym samym loże Moderns bez Wielkiego Mistrza Prowincjalnego.
Aby jeszcze bardziej skomplikować sprawy, w latach 50-tych XVII wieku Antyczna Wielka Loża Anglii (znana historykom jako „Starożytni”), konkurencyjna Wielka Loża Masońska, stworzyła również Prowincjalną Wielką Lożę Nowego Jorku, która następnie czarterowała loże pod swoją jurysdykcją. Dodatkowe loże zostały wyczarterowane w Nowym Jorku przez Wielką Lożę Szkocji i Wielką Lożę Irlandii. Starożytni zachowali jednak swój statut przez cały okres rewolucji i to właśnie na jego podstawie w 1781 roku utworzono niezależną Wielką Lożę Nowego Jorku, której Wielkim Mistrzem został Robert R. Livingston. Wielka Loża Nowego Jorku została oficjalnie zorganizowana 15 grudnia 1782 roku, na mocy Wielkiego Warrantu Prowincjonalnego z dnia 5 września 1781 roku, wydanego przez Wielką Lożę Anglii „Athol”. Wielka Loża ogłosiła swoją niezależność i przyjęła swój współczesny tytuł „Wielka Loża Wolnych i Zaakceptowanych Masonów Stanu Nowy Jork” 6 czerwca 1787 roku. Podczas gdy Karta „Athol” wywodziła się od „Starożytnych”, sam Livingston był członkiem „Nowoczesnej” Loży. Tak więc dwie rywalizujące ze sobą tradycje Wielkich Lóż, które w Anglii nie połączyły się aż do 1813 roku, w stanie Nowy Jork połączyły się już wcześniej.
Loża Św. Jana nr 1, A.Y.M.Edit
Loża Św. Jana, założona w 1757 roku, jest najstarszą działającą Lożą pod jurysdykcją Wielkiej Loży Nowego Jorku. Loża St. John’s jest kustoszem tego, co obecnie znane jest jako Biblia Inauguracyjna Jerzego Waszyngtona. To na niej 30 kwietnia 1789 roku Jerzy Waszyngton złożył przysięgę jako pierwszy prezydent Stanów Zjednoczonych.
W 2009 roku Loża utworzyła zarejestrowaną publiczną organizację charytatywną w celu zachowania, konserwacji i restauracji Biblii Inauguracyjnej Jerzego Waszyngtona. W 2014 r. Fundacja Loży św. Jana nr 1, Inc. otrzymała uznanie jako IRS 501(c)3.