Virale nucleïnezuren zijn instabiel wanneer ze onjuist worden verzameld, behandeld en opgeslagen, wat resulteert in een verminderde gevoeligheid van de momenteel beschikbare commerciële kwantitatieve nucleïnezuur testkits. Gebruikmakend van bekend instabiel hepatitis C virus RNA, ontwikkelden wij een kwantitatieve RT-PCR methode gebaseerd op een nieuwe primer ontwerpstrategie om de invloed van instabiliteit van nucleïnezuren op nucleïnezuurtesten te verminderen. De prestaties van de methode werden geëvalueerd op lineariteit, detectiegrens, precisie, specificiteit, en overeenkomst met commerciële hepatitis C virus assays. De klinische toepassing werd vergeleken met die van twee commerciële kits-Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan (CAP/CTM) en Kehua. De kwantitatieve RT-PCR-methode leverde goede resultaten op, met een lineariteit van R2 = 0,99, een totale aantoonbaarheidsgrens (genotypes 1 tot 6) van 42,6 IE/mL (95% CI, 32,84 tot 67,76 IE/mL), een CV van 1,06% tot 3,34%, een CV van 1,5 IE/mL (95% CI, 32,84 tot 67,76 IE/mL) en een testuitslag van 2,5 IE/mL.06% tot 3,34%, een specificiteit van 100%, en een hoge concordantie met de CAP/CTM-test (R2 = 0,97), met een gemiddelde ± SD-waarde van -0,06 ± 1,96 log IU/mL (bereik, -0,38 tot 0,25 log IU/mL). De methode was superieur aan commerciële assays in het detecteren van onstabiel hepatitis C virus RNA (P < 0.05). Deze kwantitatieve RT-PCR methode kan de invloed van RNA instabiliteit op het testen van nucleïnezuur effectief elimineren. Het principe van de primerontwerpstrategie kan worden toegepast op de detectie van andere RNA- of DNA-virussen.