Wirusowe kwasy nukleinowe są niestabilne, gdy są niewłaściwie zbierane, obsługiwane i przechowywane, co skutkuje zmniejszoną czułością obecnie dostępnych komercyjnych zestawów do ilościowego testowania kwasów nukleinowych. Wykorzystując znane niestabilne RNA wirusa zapalenia wątroby typu C, opracowaliśmy ilościową metodę RT-PCR opartą na nowej strategii projektowania primerów, aby zmniejszyć wpływ niestabilności kwasów nukleinowych na testowanie kwasów nukleinowych. Wydajność metody została oceniona pod względem liniowości, granicy wykrywalności, precyzji, specyficzności i zgodności z komercyjnymi testami na obecność wirusa zapalenia wątroby typu C. Jej zastosowanie kliniczne porównano z dwoma komercyjnymi zestawami – Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan (CAP/CTM) i Kehua. Ilościowa metoda RT-PCR charakteryzowała się dobrą wydajnością, z liniowością R2 = 0,99, całkowitą granicą wykrywalności (genotypy 1 do 6) 42,6 IU/mL (95% CI, 32,84 do 67,76 IU/mL), CV 1.06% do 3,34%, swoistość 100% i wysoką zgodność z testem CAP/CTM (R2 = 0,97), ze średnią ± SD wartością -0,06 ± 1,96 log IU/mL (zakres, -0,38 do 0,25 log IU/mL). Metoda ta była lepsza od komercyjnych testów w wykrywaniu niestabilnego RNA wirusa zapalenia wątroby typu C (P < 0,05). Ta ilościowa metoda RT-PCR może skutecznie wyeliminować wpływ niestabilności RNA na badanie kwasów nukleinowych. Zasada strategii projektowania primerów może być zastosowana do wykrywania innych wirusów RNA lub DNA.