Virale Nukleinsäuren sind instabil, wenn sie unsachgemäß gesammelt, gehandhabt und gelagert werden, was zu einer verminderten Sensitivität der derzeit verfügbaren kommerziellen quantitativen Nukleinsäure-Testkits führt. Unter Verwendung bekannter instabiler Hepatitis-C-Virus-RNA haben wir eine quantitative RT-PCR-Methode entwickelt, die auf einer neuen Primer-Design-Strategie basiert, um die Auswirkungen der Nukleinsäure-Instabilität auf Nukleinsäure-Tests zu reduzieren. Die Leistungsfähigkeit der Methode wurde auf Linearität, Nachweisgrenze, Präzision, Spezifität und Übereinstimmung mit kommerziellen Hepatitis-C-Virus-Assays untersucht. Seine klinische Anwendung wurde mit der von zwei kommerziellen Kits – Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan (CAP/CTM) und Kehua – verglichen. Die quantitative RT-PCR-Methode lieferte eine gute Leistung, mit einer Linearität von R2 = 0,99, einer Gesamtnachweisgrenze (Genotypen 1 bis 6) von 42,6 IU/mL (95% CI, 32,84 bis 67,76 IU/mL), einem CV von 1.06 % bis 3,34 %, eine Spezifität von 100 % und eine hohe Konkordanz mit dem CAP/CTM-Assay (R2 = 0,97), mit einem Mittelwert ± SD-Wert von -0,06 ± 1,96 log IU/mL (Bereich, -0,38 bis 0,25 log IU/mL). Die Methode war den kommerziellen Assays beim Nachweis von instabiler Hepatitis-C-Virus-RNA überlegen (P < 0,05). Diese quantitative RT-PCR-Methode kann den Einfluss der RNA-Instabilität auf den Nukleinsäure-Test effektiv eliminieren. Das Prinzip der Primer-Design-Strategie kann auf den Nachweis von anderen RNA- oder DNA-Viren angewendet werden.