La pieza central del Museo de la Mafia es la sala del tribunal del segundo piso, que fue el lugar de una de las catorce audiencias nacionales del Comité Kefauver para exponer el crimen organizado celebradas en 1950 y 1951. El museo también adquirió la pared de ladrillos donde tuvo lugar la masacre de San Valentín. Otras exposiciones se centran en la violencia de la Mafia, las operaciones de desvalijamiento del dinero de los casinos y las escuchas telefónicas de las fuerzas del orden. En 2018, se añadió una nueva exposición llamada Organized Crime Today en la primera planta tras una importante renovación.
La visita autoguiada comienza en la tercera planta, donde se expone el muro real de la Masacre de San Valentín, al que se puede acceder por ascensor o escaleras, y desciende hasta la segunda y primera planta. Los visitantes pueden ver una película sobre la historia del crimen organizado (que comienza en la época de la prohibición). La parte principal de la exposición consiste en fotos relacionadas con la mafia, con leyendas que explican el significado de las imágenes en particular, pero también con qué individuos/acontecimientos estaban relacionados.
Hay una tienda de regalos en la primera planta. Mediante fotos, textos, exposiciones, técnicas interactivas, exhibiciones prácticas y otros métodos museísticos de primera clase, el visitante aprende sobre la historia del crimen organizado, la Prohibición y la oportunidad de negocio que supuso. Los visitantes aprenden sobre los primeros casinos de Las Vegas, Howard Hughes, J. Edgar Hoover, los orígenes del FBI, Al Capone, Eliot Ness y mucho más. Un visitante puede sentarse en una réplica de la silla eléctrica, escuchar escuchas telefónicas reales, entrenar en un simulador de entrenamiento de uso de la fuerza y explorar una exposición interactiva del laboratorio de criminalística relacionada con la ciencia forense.
En abril de 2018, el museo abrió un bar clandestino y una destilería totalmente operativos en su exposición del sótano, The Underground. El espacio cuenta con exposiciones relacionadas con la historia cultural de la época de la Prohibición, así como con los contrabandistas, los traficantes de ron y los destiladores que se aseguraron de que los estadounidenses siguieran teniendo acceso al licor durante los 13 años de la Prohibición federal. El museo destila su propio moonshine de 100 grados, 100% de maíz, en un alambique hecho a medida situado en el Underground. En 2019, el Museo de la Mafia comenzó a vender su moonshine a través de las tiendas Lee’s Discount Liquor en el Valle de Las Vegas. El moonshine del museo solo estaba disponible anteriormente en The Underground.