Przeciwbakteryjne sulfonamidy były pierwszymi środkami przeciwbakteryjnymi stosowanymi skutecznie w leczeniu chorób zakaźnych. Ponieważ jednak mogą one powodować ciężkie niepożądane reakcje polekowe (ADR) i ponieważ od tego czasu opracowano skuteczniejsze leki, sulfonamidy są obecnie stosowane tylko w kilku wskazaniach w określonych grupach, np. u chorych na AIDS. Reakcje skórne, od łagodnej wysypki do potencjalnie śmiertelnych toksydermii, są najczęstszymi działaniami niepożądanymi związanymi ze stosowaniem sulfonamidów. Do innych poważnych działań niepożądanych należą: ostre uszkodzenie wątroby, reakcje płucne i dyskozy krwi. Chociaż mechanizmy związane z tym zjawiskiem nie zostały w pełni wyjaśnione, wydaje się, że kluczową rolę odgrywają reaktywne metabolity. Metabolity hydroksyloaminowe i nitrozowe sulfametoksazolu, obecnie najczęściej stosowanego sulfonamidu, mogą wiązać się kowalencyjnie z białkami ze względu na swoją reaktywność chemiczną, powodując indukcję specyficznych, niepożądanych reakcji immunologicznych. Dlatego też zmiany w aktywności szlaków metabolicznych i detoksykacyjnych wiążą się z większym ryzykiem rozwoju reakcji alergicznych na sulfonamidy. Alergia na sulfonamidy, szczególnie sulfametoksazol (często stosowany w połączeniu z trimetoprimem jako ko-trimoksazol), występuje częściej u pacjentów z AIDS, ale przyczyna tego zwiększonego ryzyka nie jest w pełni poznana. Brak jest wiarygodnych narzędzi pozwalających przewidzieć, u których pacjentów istnieje większe ryzyko rozwoju alergii na sulfonamidy. Diagnostyka jest niezbędna, aby uniknąć ewentualnej ewolucji w kierunku ciężkich reakcji i ponownego podawania leku. U pacjentów, którzy bezwzględnie wymagają dalszego leczenia, możliwe jest skuteczne odczulanie.