Détection de l’occurrence d’un événement récent de goulot d’étranglement génétique dans la race bovine de colline indienne Bargur en utilisant des marqueurs microsatellites

Le nombre effectif d’individus reproductibles est un déterminant crucial pour le maintien de la variabilité génétique au sein d’une population. La population de Bargur, le bovin de colline du sud de l’Inde, a diminué de façon drastique de plus de 93 % au cours des trois dernières décennies, et seulement quelques milliers d’animaux sont disponibles actuellement. La présente étude a été entreprise pour évaluer l’équilibre de la dérive des mutations chez les bovins Bargur et pour détecter l’apparition d’un éventuel goulot d’étranglement génétique récent dans cette population. Environ 50 animaux non apparentés, fidèles au type, ont été échantillonnés et génotypés sur 25 loci microsatellites. L’hétérozygotie moyenne observée (0,808 ± 0,023) était supérieure à l’hétérozygotie moyenne attendue (0,762 ± 0,008), 15 des 25 loci microsatellites présentant un excès d’hétérozygotie lorsqu’ils sont considérés comme étant en équilibre de Hardy-Weinberg. Pour évaluer l’équilibre de la dérive mutationnelle chez les bovins de Bargur, trois tests ont été effectués selon trois modèles de mutation différents, à savoir le modèle de l’allèle infini (IAM), le modèle de mutation par étapes (SMM) et le modèle à deux phases (TPM). La diversité génétique observée (H (e)) et la diversité génétique à l’équilibre attendue (H(eq)) ont été estimées selon différents modèles d’évolution des microsatellites. Il a été constaté que les 25 loci présentaient tous un excès de diversité génétique selon les modèles IAM et TPM, tandis que 22 loci présentaient un excès de diversité génétique selon le modèle SMM. Les trois tests statistiques, à savoir le test des signes, le test des différences standardisées et le test des rangs de signe de Wilcoxon, ont révélé une déviation significative (P < 0,01) de la population bovine de Bargur par rapport à l’équilibre mutation-dérive sous les trois modèles de mutation. En outre, le test qualitatif de la distribution de la fréquence des allèles dans la population bovine de Bargur a révélé un fort changement de mode par rapport à la forme normale en L, ce qui suggère que la population a connu un goulot d’étranglement génétique dans un passé récent. L’apparition d’un goulot d’étranglement génétique pourrait avoir conduit à la perte de plusieurs allèles rares dans la population, ce qui souligne la nécessité d’efforts pour conserver cet important germoplasme bovin. La présente étude est le premier rapport à démontrer la base génétique du goulot d’étranglement démographique dans une population bovine indienne.

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