Detection of occurrence of a recent genetic bottleneck event in Indian hill cattle ras Bargur using microsatellite markers

Het effectief aantal fokbare individuen is een cruciale determinant voor het behoud van genetische variabiliteit binnen een populatie. De populatie van de Bargur, het heuvelrund van Zuid-India, is de laatste drie decennia drastisch gedaald met meer dan 93%, en momenteel zijn er nog maar een paar duizend dieren beschikbaar. De huidige studie werd ondernomen om de Bargur-runderen te evalueren op mutatie-drift evenwicht en om het optreden van recente genetische knelpunten, indien die er zijn, in deze populatie op te sporen. Ongeveer 50 niet-verwante dieren, trouw aan het type, werden bemonsterd en gegenotypeerd op 25 microsatelliet loci. De gemiddelde waargenomen heterozygositeit (0,808 ± 0,023) was hoger dan de gemiddelde verwachte heterozygositeit (0,762 ± 0,008), waarbij 15 van de 25 microsatelliet loci een overschot aan heterozygositeit vertoonden wanneer uitgegaan werd van een Hardy-Weinberg evenwicht. Om de Bargur-runderen te evalueren op mutatie-driftevenwicht, werden drie tests uitgevoerd volgens drie verschillende mutatiemodellen, namelijk het oneindige-allel-model (IAM), het stapsgewijze-mutatiemodel (SMM) en het twee-fasen-model (TPM). De waargenomen genendiversiteit (H(e)) en de verwachte evenwichtsgenendiversiteit (H(eq)) werden geschat onder verschillende modellen van microsatelliet evolutie. Alle 25 loci bleken gen-diversiteitsexces te vertonen onder IAM en TPM, terwijl 22 loci gen-diversiteitsexces vertoonden onder SMM. Alle drie de statistische toetsen, namelijk de teken-toets, de gestandaardiseerde verschillen-toets en de Wilcoxon teken rang-toets, toonden een significante (P < 0.01) afwijking van de Bargur runderpopulatie van het mutatie-drift evenwicht onder alle drie de mutatiemodellen. Bovendien bleek uit de kwalitatieve test van de verdeling van de allelfrequentie in de runderpopulatie van Bargur dat de modus sterk afwijkt van de normale L-vorm, wat erop wijst dat de populatie in het recente verleden een genetische bottleneck heeft doorgemaakt. Het optreden van genetische bottleneck kan geleid hebben tot het verlies van verschillende zeldzame allelen in de populatie, wat wijst op de noodzaak van inspanningen om dit belangrijke rundergermplasma in stand te houden. De huidige studie is het eerste verslag waarin de genetische basis van demografische bottleneck in een Indiase runderpopulatie wordt aangetoond.

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *