Detection of a recent genetic bottleneck event in Indian hill cattle breed Bargur using microsatellite markers

繁殖可能な有効な個体数は、集団内の遺伝的多様性を維持するための重要な決定要因である。 南インドの丘陵牛であるBargurの個体数は、過去30年間で93%以上も激減し、現在では数千頭しかいない。 本研究は、Bargur牛の突然変異ドリフト平衡を評価し、この集団に最近の遺伝的ボトルネック現象があった場合、それを検出するために行われた。 約50頭の血縁関係のない牛を採取し、25のマイクロサテライト遺伝子座で遺伝子型を測定した。 観察されたヘテロ接合性の平均値(0.808 ± 0.023)は期待されるヘテロ接合性の平均値(0.762 ± 0.008)よりも高く、ハーディー・ワインバーグ平衡下で仮定した場合、25のマイクロサテライト遺伝子座のうち15の遺伝子座がヘテロ接合性過剰を示した。 Bargur 牛の突然変異ドリフト平衡を評価するために、無限対立遺伝子モデル(IAM)、段階的突然変異モデル(SMM)、二相モデル(TPM)の三つの異なる突然変異モデルの下で三つのテストを行った。 観察された遺伝子多様性(H(e))と期待される平衡遺伝子多様性(H(eq))を、異なるマイクロサテライト進化モデルの下で推定した。 その結果、IAMとTPMでは25遺伝子座すべてが遺伝子多様性過剰を示し、SMMでは22遺伝子座が遺伝子多様性過剰を示した。 符号検定、標準化差検定、Wilcoxon符号順位検定の3つの統計的検定の結果、Bargur牛集団は3つの突然変異モデルのいずれにおいても突然変異-ドリフト平衡から有意(P < 0.01)に乖離していた。 さらに、バルガー牛集団の対立遺伝子頻度分布の定性試験では、正常なL字型からの強いモードシフトが見られ、この集団が最近になって遺伝的ボトルネックを経験したことが示唆された。 遺伝的ボトルネックの発生により、いくつかの希少対立遺伝子が失われた可能性があり、この重要な牛の生殖質を保存するための努力が必要であることを示している。 本研究は、インドの牛の集団における人口動態的ボトルネックの遺伝的基盤を示した初めての報告です。

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