Detection of occurrence of a recent genetic bottleneck event in Indian hill cattle breed Bargur using microsatellite markers

Efektywna liczba osobników nadających się do hodowli jest kluczowym wyznacznikiem utrzymania zmienności genetycznej w populacji. Populacja Bargur, bydła górskiego z południowych Indii, zmniejszyła się drastycznie o ponad 93% w ciągu ostatnich trzech dekad i obecnie dostępnych jest tylko kilka tysięcy zwierząt. Obecne badanie zostało podjęte w celu oceny bydła Bargur pod kątem równowagi dryfu mutacji i wykrycia występowania niedawnego genetycznego wąskiego gardła, jeśli takie występuje w tej populacji. Pobrano próbki od około 50 niespokrewnionych zwierząt, zgodnych z typem, które poddano genotypowaniu w 25 loci mikrosatelitarnych. Średnia zaobserwowana heterozygotyczność (0,808 ± 0,023) była wyższa niż średnia oczekiwana heterozygotyczność (0,762 ± 0,008), przy czym 15 z 25 mikrosatelitarnych loci wykazywało nadmiar heterozygotyczności przy założeniu równowagi Hardy’ego-Weinberga. Aby ocenić bydło Bargur pod kątem równowagi dryfu mutacji, przeprowadzono trzy testy w trzech różnych modelach mutacji, tj. w modelu nieskończonych alleli (IAM), modelu mutacji krokowych (SMM) i modelu dwufazowym (TPM). Obserwowana różnorodność genów (H (e)) oraz oczekiwana równowagowa różnorodność genów (H(eq)) zostały oszacowane na podstawie różnych modeli ewolucji mikrosatelitarnej. Stwierdzono, że wszystkie 25 loci wykazywało nadmiar różnorodności genowej w modelach IAM i TPM, natomiast 22 loci wykazywało nadmiar różnorodności genowej w modelu SMM. Wszystkie trzy testy statystyczne, viz., test znakowy, test różnic standaryzowanych i test rang Wilcoxona, ujawniły znaczące (P < 0.01) odchylenie populacji bydła Bargur od równowagi mutacyjno-dyfuzyjnej w ramach wszystkich trzech modeli mutacji. Ponadto, test jakościowy rozkładu częstotliwości alleli w populacji bydła Bargur ujawnił silne przesunięcie trybu z normalnej formy w kształcie litery L, sugerując, że populacja doświadczyła genetycznego wąskiego gardła w niedawnej przeszłości. Wystąpienie genetycznego wąskiego gardła mogło doprowadzić do utraty kilku rzadkich alleli w populacji, co wskazuje na potrzebę podjęcia wysiłków w celu zachowania tej ważnej germplazmy bydła. Niniejsze badania są pierwszym raportem wykazującym genetyczne podstawy demograficznego wąskiego gardła w indyjskiej populacji bydła.

Dodaj komentarz

Twój adres email nie zostanie opublikowany. Pola, których wypełnienie jest wymagane, są oznaczone symbolem *